En 1996, le gouvernement malgache s’est orienté vers une voie économique libérale et a adopté un programme financier basé sur un désengagement progressif du secteur public des activités commerciales. En application de cette politique, le gouvernement malgache a initié une réforme institutionnelle globale du secteur portuaire. Le port de Toamasina a été l’un des premiers à faire l’objet de cette réforme.

L’article premier du Décret n° 2004-702 du 14 juillet 2004 stipule que le Port de Toamasina à un statut de port d’intérêt national à gestion autonome. La dénomination « Société du port à gestion autonome de Toamasina » est par ailleurs officialisée par l’ article 8 de la Loi n° 2003-025 du 05 septembre 2003 portant statuts des ports.